１．清算期間中も住民税均等割は発生する

コロナウイルスの感染拡大で、倒産・廃業が増え、また、余力のあるうちに事業を畳む選択も増えています。
会社を解散して清算手続に入った場合も、法人税の均等割は払わなければならないのでしょうか？

「清算＝事業を止めた」ので、「事業をしていることで所得の多寡に関係なくみんなで負担する均等割はもういらないのでは？」と思いがちです。

しかしながら、税法規定からすると、「清算期間中も法人住民税の納税義務」は残ります。

課税庁側の見解では、「会社法の規定では、清算期間中といえども清算目的で会社は存続し、その期間中は清算業務が会社の付随事業であるため、均等割を課税できる」としています。

過去の例では、事務所閉鎖後社長の自宅にて残務整理をしていた場合に、その社長の自宅が事務所等として均等割が課税された実例もあるようです。そのため、課税の根拠である「事務所又は事業所」の賃貸契約を解除して物理的になくなったものと思っていても、均等割を課税されない状況となることは難しいようです。

２．「事業廃止届」で課されない場合もある

一方で、事業を廃止したので事業は行っていないという届出を根拠に、均等割が課されないケースもあるようです。

会社法規定に従った清算手続を行うには時間も費用も掛かります。

一方、清算手続をせずに、事業廃止届を出して休眠会社として放置しておけば、事業活動がゼロとなり、均等割は課されない状況となります。

その後、最後の登記から12年が経過すると、会社法の規定で、法務局によるみなし解散の手続となります。

12年間会社を残したままという不安は残りますが、均等割もそのあとの税金問題も、青色申告の取り消しという問題を除けば、放置でおしまいとする選択も少なくありません。きちんと整理すると課税され、放置したら課税されずに済むという不合理が生じます。

３．地方自治体の事実認定と実務運用次第？

自治体によっては、事実認定として事務所等がないとなれば、清算期間中でも「事業廃止届」の提出により、均等割を課さない運用をしているところもあるようです。
　
事務所等の実体がある場合には「事業廃止届」を提出しても事実と違うわけですから均等割課税となりますが、そうでない場合には、課税団体に照会してみるという対応もあります。